uniprot数据库怎么用（uniprot数据库分哪几个层次）

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本文目录一览：

• 1、uniprot蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点
• 2、如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列
• 3、uniprot和pir家族信息的异同
• 4、uniprot数据库怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列

uniprot蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点

将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成，包含3个部分:

(1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ，这是蛋白质序列、功能、分类、交渣唯叉引用等蛋白质知识库，记录经过人工筛选和注释;

■ (2) UniRef ( UniProt Non-redundant Reference )

数据库，信悔将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度;目前，根据序列相似程度形成3个子库，即UniRef100、UniRef90和UniRef50;

■ (3) UniParc (UniProt Archive)，是UniProt存档库 ,

收录所有蛋白质序列。用户可以滑梁正通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。

如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列

NCBI

NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet

包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。

Entrez

功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic

Local

Alignment

Search

Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容大冲易地将相干记录与随机的数据库记录像辨衡铅别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST

主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped

BLAST

和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped

BLAST

允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific

Iterated

BALST，即特殊位置重复滚拦歼BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar

可以用于解决你踢完的后半个问题

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uniprot和pir家族信息的异同

UniProt和PIR家族信息是两个不同的分子序列数据库。UniProt是一个全球性的数据库，收录了从细胞到基因组的所有生物序列的完整信息。而PIR家族信息是一个专门为蛋白质家族构建的数据库，它收录了全球各地蛋白质序列和家族的信谈者悔息，并分析这些家族的演化状况。

UniProt数据库的主要目的是收集嫌慧生物序列的完整信息，包括蛋白质序列、基因序列、基因组序列等，通过这些信息可以构建生物家族树，从而推断出演化关系。而PIR家族信息则主要集中在蛋白质家族的收集和分析上，它收录了大量蛋含正白质序列，能够从这些序列中推断出家族的演化关系，从而更好的分析和控制这些家族的行为。

总而言之，UniProt和PIR家族信息都是非常有用的分子序列数据库，都可以用来收集和分析生物家族的信息，但UniProt数据库主要收集和分析所有生物序列的信息，而PIR家族信息则主要集中在蛋白质家族的收集和分析上。

uniprot数据库怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列

uniprot数据库改兄薯怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列：

(1）在搜索框输入蛋白名（以Cystatin-C为例）之后search，进入下图界面；

①区域即为人物种的Cystatin-C蛋白结果。

(2)点击蓝色ID，进入下一级页面（链接：uniprot.org/uniprot/P01034#ptm_processing）；

③区域尘烂主要是蛋白名、基因名、物种信息、蛋白研究水平等

(3)红框为蛋白完整氨基酸序列，点击FASTA即可下载此蛋白序列；

(4）核者下载蛋白序列。

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